Le musée est né de l'initiative du High Committee for the Kerma Cultural Complex

Ce comité soudanais, fondé en 1999, a pour objectif de préserver et de faire connaître le passé de la région. Avec le Département des Antiquités et des Musées du Soudan (NCAM), il a supervisé les travaux de construction commencé en 2003 par l'édification de l'entrée monumentale, située face à la deffufa de la ville antique. Des entreprises locales et régionales ont été mandatées et le financement a été assuré par un partenariat soudano-suisse. Le musée a connu une première inauguration le 19 janvier 2008, en présence d'autorités locales et nationales.

Le musée est devenu un lieu culturel de premier plan pour les habitants de Kerma, qui apprécient la mise en valeur de l'histoire nubienne et le rôle positif qu'il joue dans le développement de la région. L'architecture du bâtiment s'inspire de la tradition nubienne, avec un toit composé de nombreuses voûtes, dont les ouvertures triangulaires laissent pénétrer une lumière zénitale dans les salles du musée. Si certains locaux sont réservés à l'administration et aux travaux des conservateurs, la grande majorité des salles est destinée à l'exposition.

Au nord du musée, une entrée secondaire permet d'accéder à un petit hôtel et à son jardin réservés aux touristes de passage. Au sud, un centre culturel d'études nubiennes est en cours de construction.